Jorge Martin był najszybszy w kwalifikacjach MotoGP do wyścigu o Grand Prix Malezji. Zawodnik Pramac Ducati dwukrotnie zmiażdżył rekord toru. Mniej szczęścia miał Fabio Quartararo, który pojedzie z 12. pozycji, a przed nim znalazł się Bagnaia.

W treningach wolnych najszybszy był Jorge Martin z czasem 1'58,583. O sporym pechu może mówić Pecco Bagnaia, który znalazł się tuż za Q1. Fabio Quartararo mógł być spokojny o swoje miejsce w drugiej sesji kwalifikacyjnej, ponieważ jego czas był 7. i wynosił 1'59,067. Sytuacja w Q1 zapowiadała się o tyle ciekawie, że był tam również Marc Marquez, który ukończył treningi wolne dopiero na 16. pozycji. W stawce Q1 znaleźli się też Jack Miller, Miguel Oliveira i Johann Zarco.

Na początku Q1 zaraz za Bagnaią wyjechał Marquez, a dalej podążali Espargaro i Miller. Marquez przeliczył się jednak, ponieważ nie był w stanie nadążyć za Ducati. Za Hondami z utknął z kolei Miller. Najlepsze otwarcie miał Bagnaia z 1'58,895. Jack Miller pomimo problemu z Hondami uzyskał drugi czas. Na kolejnym okrążeniu Bagnaia podkręcił tempo i przekroczył linię mety z czasem 1'58,645. Pod koniec drugiej sesji Marc Marquez ciągnął się za Millerem, który nagle zjechał na pobocze i przez to zawodnik z numerem 93 nie miał szans na wejście do Q2. W sektorze numer 3 wywrócił się Alex Marquez. Na samym końcu z toru wypadł Jack Miller, który mógł przejechać jeszcze jedno mierzone okrążenie. Zawodnik wypadł z toru w sektorze numer 1. Z tej okazji skorzystał Marc Marquez, który wypchnął Millera z 2. miejsca.

Do drugiej sesji Bagnaia ponownie wyjechał jako pierwszy, żeby mieć przed sobą czysty tor. W pierwszym sektorze najszybszy był Jorge Martin. Najlepszy czas otwarcia miał jednak Enea Bastianini z 1'58,625. Poprawił go Jorge Martin na 1'58,021 ustanawiając tym samym nowy rekord toru. Bagnaia spadł na 10. miejsce. Niedługo później Bagnaia awansował na 5. pozycję jadąc na używanej oponie. Najgorzej radził sobie Fabio Quartararo, który zjeżdżał do boksu na 11. miejscu. Na drugą połowę jako pierwszy ponownie wyjechał Bagnaia, a za nim podczepił się Marquez. Bagnaia po pierwszym sektorze miał tempo na pole position, ale wypadł z toru w sektorze numer 2 przed resztą stawki, co skomplikowało sytuację. Marquez wykorzystał swoją szansę i awansował na 3. miejsce z czasem 1'58,454. Na ostatnim okrążeniu Jorge Martin poprawił swój czas jeszcze na 1'57,790 miażdżąc resztę stawki. W pierwszym rzędzie znaleźli się również Bastianini i Marquez. Pecco Bagnaia wystartuje z 9. miejsca, a Fabio Quartararo będzie zamykał czwarty rząd.